Terça-feira, 18 de Abril de 2006

 

Bijeções e Proteinas

O RCSB Protein Data Bank é um dos bancos de proteinas on-line que existem. Como nos disse hoje o Prof. Martinez, estão armazenadas lá informações sobre a configuração espacial de milhares de proteinas e outras bio-moléculas. Uma curiosidade: há a seção Molécula do Mês. Hoje, por exemplo, é dia da Hemagglutinin.

O texto da abertura foi retirado dos primeiros parágrafos do conto A Conferência do Professor, publicado no Livro Algumas Aventuras de Sílvia e Bruno, escrito há mais de cem anos por Lewis Carroll, pseudônimo do matemático inglês Charles Lutwidge Dodgson, imortalizado pelas aventuras de Alice no País das Maravilhas, que estão disponíveis integral e gratuitamente aqui. (Há vários outros livros, inclusive de L. Carroll, disponíveis no site do Projeto Guttenberg. Boa leitura!)

Comments:
Aaargh!
Puxa vida, odeio ser burro...
Como eu faço para aparecer o meu nome no meu post ao invés de "Anônimo"?
 
.
 
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Puxa agora foi!!!
Foi mal saa, t+!
 
Nossa pesoal a palestra foi muito boa,naminha opninao oi uma das melhores até agora , esperoque tenha mais nesses estilos.
 
Grande Giló (isso não é com J?)....
 
Me lembro, qdo estudante de medicina, de longas aulas sobre o estrutras primárias, secundárias, terciárias e quaternárias das proteínas. É simplesmente fabuloso como o arranjo dos aminoácidos na cadeia protéica pode interferir, desde a função da molécula até em que tipo de substrato ela irá se ancorar e coisas do tipo. É mais que verdade a máxima dita (não lembro por quem) pelo Saa depois da palestra: estudar a forma para saber a função (ou algo semelhante).
Me parece uma área praticamente virgem da ciência (ou não!?) o estudo de sistemas orgânicos, seja em modelos vivos ou em modelos gerados em laboratório. Quero dizer, analisar e prever o comportamento de moléculas e fenômenos associados a ele, tais como interações intermoleculares (estudo imprescindível na construção de medicamentos, venenos, antibióticos, enzimas laboratoriais e muitos outros). São estudos de grande valia para a melhoria da qualidade de vida.
Muito boa a palestra, dando uma idéia disso tudo!
Abraços.
 
A palestra relamente foi muito interessante, mas ainda não consegui encontrar nada sobre a teoria dos nós questionei na aula. Vc sabe de alguma coisa a respeito Saa?? ou onde posso encontrar??
 
Matheus, muito boas as suas colocacoes. Como ja disse varias vezes, estou ciente que a interface da biologia/fisica/matematica e a grande area a ser descoberta pela geracoes de voces. O dito "para saber funcao, estude a forma" esta, na minha cabeca, ligada ao grande biologo ingles Sir D'Arcy Wentworth Thompson, autor do fantastico >On Growth and Form, leitura quase obrigatoria para os interessados na area. Nao consegui, contudo, confirmar se essa citacao e mesmo dele. Estou meio confuso agora, pode ser que tenha sido do (tambem importante, igualmente biologo e ingles, apesar de ter nascido no Rio de Janeiro) Sir Peter Medawar.
 
Adriano, as unicas aplicacoes que conheco da teoria dos nos sao em fisica, coisas modernas e um tanto exotericas. Se voce quiser, podemos conversar amanha, lembre-me disso.

Ha uns anos atras (3-5), saiu um numero especial da Scientif American sobre teoria de nos. Nao consegui localiza-lo, mas tenho certeza que houve.
 
Caso voces nao saibam, varios livros da amazon.com (como o do D'arcy Thompson acima) podem ser lidos/folheados, quase completamente, on-line!!
 
Companheiro, Veronez,
Achei interessante, cara, o seus comentários sobre essa última palestra. Imagine só, cara, se fossem descobertos padrões que pudessem ser decodificados matematicamente nas estruturas (seres) vivas que conhecemos. Poderíamos,assim, tentar entender, pelo menos, o Fenômeno Vida: aquilo de especial que nós, as bactérias, etc temos que uma jarra de vidro, uma barra de metal, etc não têm... Seria interessantíssimo!!!
Só existe uma problema: apesar de minha Esperança nesta "matematização" do Universo como um todo, receio que, TALVEZ, a Vida, em si, seja algo além de nossa Matemática, Algo que transcenda esta capacidade numérica que desenvolvemos através da Matemática.TALVEZ, seja, não apenas um fenômeno, mas uma Dádiva! Embora, minha curiosidade não acredite nisso, é uma possibilidade, não é mesmo?
E ae, professor, o que o senhor acha?
Valeu, Veronez!
Um abraço, Turma!

Francismar
 
Francismar e seus comentarios profundos

Caros,
tambem gostei muito da palestra. Sabia que o Prof. Martinez nao nos decepcionaria. Seus comentarios, Francismar, sao metafisicos. Nao entendo dessas coisas. Obviamente sao interessantes e gostaria de discuti-los. Mas nao posso faze-lo com propriedade. Como voce disse (acertadamente) um dia, tenho dificuldade em ver o mundo por primas diferentes do estritamente cientifico ....
 
Professor,

Achei o livro interessante!!

Mas gostaria de saber se há um versão em português (ou em catalão)??
 
Artur,
só conheço esse livro em inglês.
 
Professor, aonde um profissional em matemática aplicada a biologia pode trabalhar? obrigado.
 
Caro anônimo, não conheço muito bem o mercado de trabalho fora do mundo acadêmico. Imagino que um matemático seja muito útil na pesquisa e desenvolvimento da industria bioquímica e farmacêutica, mas não sei dizer ao certo se no brasil há laboratórios industriais ativos nessas áreas. Desconfio que há grandes oportunidades por aqui nessa área, já que está quase tudo por se fazer ainda...
 
Olá, professor! Boa noite!

Apesar do Blog estar aberto às várias discussões e opiniões, peço desculpas, licença e paciência para com minhas questões metafísicas (como diz o senhor...), que acabam se tornando, receio, "monótonas"... Mas preciso compartilhar alguns de meus pensamentos, pois incessantemente procuro respostas!
Por aquele dia, que conversamos um pouco, lamento se insinuei, ou mesmo se eu disse, sobre essa dificuldade de o senhor ver o Mundo abstraído do Cientificismo, não foi minha intenção... Mas, tomando a liberdade para comentar, muito talvez essa suposta dificuldade sua (que talvez nem exista, professor...) seja fruto da "combinação linear", que acredito ser feita a Vida : Decisão e Conseqüência. O senhor fez sua Decisão, ser cientista, talvez a Conseqüência seja esta, ter a visão perpétua de um cientista. Como tudo nessa vida, nisso há vantagens e desvantagens.
Sinto que já é hora de fazer também minha Decisão...
Mas enquanto isso, decido, primeiramente, dormir, né? Pois apesar de a cabeça parar para pensar, o Mundo não pára e amanhã tem aula de G.A.!!!
Um abraço e boa noite...
 
Francismar, seus comentários são sempre bem vindos!
 
Tudo bom professor.. gostaria de saber quando sai as notas do teste de pascoa.

Obrigado!
 
Caro anonimo, ate a proxima terca, provavelmente...
 
Saa,
Me desculpe pela ignorancia mas a discussao sobre o que sao os tais SO(2), SO da aula de GA de hoje nao ficou clara pra mim. Vou ser franco, nao entendi absolutamente nada. Talvez pq o senhor foi mto rapido na discussao ou pq ....bom, eu nao entendi msm.
Bom, nao quero ficar pensando nas causas, eu gostaria de saber se o senhor nao tem um link ou mesmo uma sugestao de texto para entender a aula de hj.
Grato
 
POxa Saa hoje na aula vc iludiu todo mundo, como é que pode a gente sair mal nos testes, tirar menos que 5 na prova ( que pelo parece será muiiiiiiitttttttooooooooo foda) e ainda conseguir passar de ano.
desse jeito a galera vai bombar e fuder com o CR.
acho k nem tudo pra gente é tao trivial assim e se a gente tá rodando no teste é pork nao conseguimos fazer mesmo, e se nao fazemos nada agora tbm vamus fazer nada na prova ( poxa isso é trivial)!!!
o unico geito de passar em GA é apelar pro exame e rezar pra k ele seja fazivel

apesar que eu gosto da sua aula,e a axo pelo menos minimamente divertida
só k é foda os anticorpos contra GA estao formados desde o segundo grau
e agora estao desenvolvendo doenças auto imunes, quase me destruindo ( pork eu ainda tento aprender essa coisa abstrata na qual vc dá aula)
 
Aee Saa!

Vou tentar valorizar o Kinder Ovo que, segundo você, deveria ir para a Herminiane. Estava pensando em fazê-lo jogando ácido clorídrico nele dentro de uma câmara escura e fechada, mais conhecda como estomago. Ah, e é claro, vou tentar fazer Flashs sobre rotação/translação de eixos cartesianos para homenagiar o Ovo, mas nada se compara ao ácido clorídrico =)

ps.: O Flash nao funcionou na sala provavelmente porque o Flash Player nao estava atualizado. Se voce quiser uma versao executavel (creio que soh funcione em Windows) aqui esta o link.
 
Caro anonimo,
voce deve ter dito na hora que nao estava entendendo. Volto a esse assunto com mais calma, depois da prova.
 
Caro anonimo k fala assim, naum entendi muito bem o que voce disse, naum domino essa lingua. Iludir quer dizer enganar? Se for, sinto muito, naum era essa a intencao, tenha certeza. Se iludir se relacionar com o lado ludico, era isso mesmo. De qualquer forma, podemos conversar na proxima aula.
 
Grande Liu, assim voce vai ganhar uma caixa inteira da kinder ovos...
 
Francismar,
Será que há tanta diferença entre o cientificismo e o pensamento filosófico, metafísico? E mesmo religião? Não são todos métodos para a busca da "verdade", e todos não se baseam em algo de difícil comprovação? Dogmas, axiomas, símbolos, abstrações? é claro que um cientificista provavelmente não vai acreditar no caminho filosófico ou religioso, e vice-versa.
Ah, suas perguntas metafísicas não são monótonas, são muito legais :)
 
Saa agora vc é que conundiu como assim lado lúdico( é o mesmo que fantasioso)? só que na minha oraçao está mais para enganar mesmo...
ass anonimo acima do post do IAN
 
Caro anônimo (des)iludido, é, acho que me confundi mesmo. Não quis enganar ninguem. Acho que vocês não estão indo bem nos testes porque ainda não descobriram como se deve estudar essas coisas novas e abstratas que vocês estão encontrando. Só isso. Continuo achando que muitos vão se recuperar. Quer apostar?
 
Caro anônimo pró-francismar:

há uma enorme diferença entre ciência (pelo menos as experimentais) e o resto das atividades humanas que você enumera. Chama-se Método Científico, foi o tema da primeira aula de FM. Isso não quer dizer, de maneira nenhuma, que Ciência seja melhor que qualquer outra coisa. Quer dizer, porém, que é diferente, não há duvidas.

Também acho as colocações francismáricas muito interessantes, elas são bem vindas. Mas, como já disse, não posso comentá-las com propriedade, como tento fazer com as colocações científicas.
 
Seleto Anônimo,

Primeiramente, gostaria de dizer que me sinto lisonjeado com a afirmação de que meus comentários não são monótonos e sim legais! Agradeço, pois é muito bom ouvir isso, já que são raras as pessoas que conheço que dão credibilidade e têm paciência com estas questões, que são questões "pouco" práticas o que pode parecer que não são condizentes com o Mundo extremamente prático que sorvemos todos os dias. O que, no fundo, é uma grande mentira (digo até tolice), pois o ato de Pensar, Investigar a Fundo certos caminhos, certos conceitos dão origem, acredito, a revoluções práticas enormes. Haja vista que todo Grande Físico ou Grande Matemático, no fundo e primeiramente, é um Grande Filósofo. Enfim, onde há Perscrutação (Investigação Profunda), há Filosofia e a Física e Matemática necessitam de Investiogações Profundas.

Agora quanto à sua questão, Acho que:

Realmente concordo com você ao dizer que as veredas científicistas, religiosas, filosóficas e metafísicas confluem para o mesmo objetivo: A Verdade. Mas concordo também com Saa, quando ele diz que o Cientificismo (O Método Científico) é diferente: o Cientificismo se baseia na formalização das idéias através da Lógica e da Linguagem Matemática e ainda (e talvez principalmente) na Experimentação, o que o diferencia da Religião, por exemplo, cuja base é a Fé e não propriamente o Fato em si. Por exemplo, em Deus, basta-se crer (Religião). Em fótons, procura-se confiar! (Cientificismo).
Agora, sobre a situação de um cientista não confiar em religião ou não acreditar na mesma, por muito tempo achei verdade nisso, mas hoje não vejo assim... Há questões que talvez sejam, matematicamente, logicialmente, cientificamente insolúveis (embora eu não acredite nisso...pois acho que tudo é uma questão de tempo até ser provado...). Questões como a existência de Deus, ou que existem coisas que têm que acontecer (inevitavelmente)... Tais questões não possuem respaldo científico, sendo assim talvez tenham de ser exploradas não com a Lógica ou a Matemática, mas sim com outras habilidades como a Fé. Até mesmo para um Cientista! O inverso acontece com padres, por exemplo!
No fim, acho que tudo está interligado! Ciência, Religião, Filosofia (que é a alma da Ciência!). Acho que todas são incompletas e se completam e no final formam um todo que ainda assim é incompleto!

Mais uma vez, valeu, Anônimo!
Se quiser conversar sobre isso ou qualquer outra coisa pode procurar!
Um abração!!!
Bom feriado, galera!
Bom feriado, Saa!
 
oi professor!
onde posso achar informações sobre o sobrenatural sorriso giratório da aula de GA? será que elas seriam compreensíveis?
obrigada, bom feriado!
 
OK, Isabel, já sei que a última aula não foi das mais claras... Voltarei ao sorriso giratório após a prova, com calma. Vamos escrever explicitamente um elemento de SO(3) (matriz de rotação em 3 dimensões) e ficará mais claro, espero. Estou preparando um post sobre o assunto.
 
Caro Francismar a seleto anônimo,
obrigado pelas contribuições!
 
oi Saa!
acho que não fui muito clara, não foi uma reclamação quanto à clareza da aula não! só que eu achei realmente muito legal isso...hehehehe
por isso queria pesquisar mais sobre o assunto, só não sei se tenho base matemática... (e por isso o "compreensíveis") creio que seria algo um pouco complicado, ou não?
 
Isabel, não é muiiiito complicado, mas é um pouco. Já fiz o post novo. Olhe lá... Você vai conseguir construir seu próprio kit-do-sorriso-giratório!!!
 
Que isso, Saa! Não precisa agradecer! Eu é que agradeço,pela oportunidade de expressão!
Até...
 
Nossa, como o pessoal deste tópico é intelectual!
Vou voltar para o meu Tópico Teletubbi q eu entendo o q eles falam
 
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